Los mejores momentos de los Boquerones se desarrollan a principios de los años 70 y en la temporada 2002/03, año en el cual, tras ganar la Copa Intertoto, compiten por primera vez en su historia en la Copa de la UEFA. Sin embargo, el hito más importante del equipo se consiguió en la temporada 2012/13, cuando disputó por primera vez la Champions League tras alcanzar la 4ª posición en la temporada anterior de la liga. La trayectoria del conjunto fue espléndida, alcanzando los cuartos de final del torneo, donde cayó de forma injusta.