Fundado por tres jóvenes como un club de remo, deporte de élite a finales del siglo XIX. Un grupo de jugadores, descontentos con el Fluminense Football Club, se separó de este tras una disputa con la Junta. Los jugadores decidieron unirse al Flamengo porque Borgeth, que era el capitán del equipo, también fue remero del club.

El primer partido oficial se jugó el 3 de mayo de 1912 y es, a día de hoy, la victoria más espectacular del club, derrotando al Mangueira 16-2. Su mayor logro internacional fue la Copa Libertadores y la Copa Intercontinental de 1981, con un equipo integrado por Paulo César Carpeggiani (técnico), Júnior, Adílio, Tita y Zico, considerado el mayor ídolo de la historia del club. Es uno de los clubes con más hinchas del mundo.